самый простой вариант - вызвать команду оболочки
$files = explode("\n", `ls -1t`);
если по какой-то причине это не работает, попробуйте glob () + sort ()
$files = glob("*");
usort($files, create_function('$a, $b', 'return filemtime($b) - filemtime($a);'));