Независимо от того, включаете вы файлы или нет, на самом деле ваше дело, и, в конце концов, они используют очень минимальный дисковый ввод-вывод, если вы не включите около 100 файлов.
Я бы предложил разбить их на более мелкие файлы на основе наборов функций (функций HTML, функций URL и т. Д.) Или классов (по одному классу на файл), как и любой другой скрипт.
Это частично для сохранения вашего здравого смысла, а также потому, что хорошей практикой является просто разделить все, чтобы вы могли перенести один файл, содержащий все функции X, в другой проект, который нуждается в тех же функциях.