Какая у вас операционная система или вы используете какую-то специальную оболочку?
На Mac ./bin/elasticsearch -Ecluster.name=my_cluster -Enode.name=node_1 работает нормально.
Чтение setting [cluster] must not be empty Я предполагаю, что ваша оболочка имеет проблемы с точкой и просто запускает ./bin/elasticsearch -Ecluster. Вы можете попробовать заключить в кавычки значения, переданные -E, поэтому попробуйте ./bin/elasticsearch -E"cluster.name=my_cluster" -E"node.name=node_1". По крайней мере, на Mac это работает нормально (также).