Для тех, кто ищет знания, вот что я сделал в конце.
Для обновления рисунка измените исходные данные следующим образом:
p3 = figure(plot_width=20, plot_height=20,title="Selected Creature")
p3.line(x=some_data_x, y=some_data_x, line_color='red', source=some_data)
some_data.data = new_data
Фигура будет автоматически обновляться следующим образом:
Спасибо команде Bokeh за отличный пакет !!