То, что вы пытаетесь сделать, не работает. Также не будет предоставлен ответ @Rajeev. Если бы это была ошибка разрешения файла, вы бы увидели сообщение о том, что у файла .pem есть небезопасные права на чтение. Я подозреваю, что вам нужно будет убить этот экземпляр и перезапустить с новым ключом. Это будет проще, чем устранение неполадок, и вы можете сделать снимок для запуска нового экземпляра, если вы уже выполнили много настроек на нем.
Примеры состояния наилучшей практики AWS следует рассматривать как эфемерные. Следуйте этим рекомендациям, и в долгосрочной перспективе вы избавите себя от многих хлопот.