Замена условных значений предыдущими значениями в r

Question

У меня есть некоторые данные о выживании организма в зависимости от времени. Данные построены с использованием средних значений для многих повторов для каждой временной точки, что может привести к прямому временному шагу с увеличением выживаемости. Иногда это приводит к выживанию больше 1, что невозможно. Как я могу условно изменить значения больше 1 на значение, предшествующее ему в том же столбце?

Вот как выглядят данные:

>df
 Generation Treatment  time    lx
 1 0                  1     0 1    
 2 0                  1     2 1    
 3 0                  1     4 0.970
 4 0                  1     6 0.952
 5 0                  1     8 0.924
 6 0                  1    10 0.913
 7 0                  1    12 0.895
 8 0                  1    14 0.729
 9 0                  2     0 1    
10 0                  2     2 1   

Я попытался изменить интересующий столбец как таковой, который все еще дает значения выше 1:

df1 <- df %>%
  group_by(Generation, Treatment) %>%
  mutate(lx_diag = as.numeric(lx/lag(lx, default = first(lx)))) %>% #calculate running survival
  mutate(lx_diag = if_else(lx_diag > 1.000000, lag(lx_diag), lx_diag)) #substitute values >1 with previous value

>df1
Generation Treatment  time    lx lx_diag
 1 12                 1     0 1       1    
 2 12                 1     2 1       1    
 3 12                 1     4 1       1    
 4 12                 1     6 0.996   0.996
 5 12                 1     8 0.988   0.992
 6 12                 1    10 0.956   0.968
 7 12                 1    12 0.884   0.925
 8 12                 1    14 0.72    0.814
 9 12                 1    15 0.729   1.01 
10 12                 1    19 0.76    1.04 

Я ожидаю, что результаты будут выглядеть примерно так:

>df1
Generation Treatment  time    lx lx_diag
 1 12                 1     0 1       1    
 2 12                 1     2 1       1    
 3 12                 1     4 1       1    
 4 12                 1     6 0.996   0.996
 5 12                 1     8 0.988   0.992
 6 12                 1    10 0.956   0.968
 7 12                 1    12 0.884   0.925
 8 12                 1    14 0.72    0.814
 9 12                 1    15 0.729   0.814 
10 12                 1    19 0.76    0.814

Я знаю, что вы можете условно изменить значения на определенное значение (например, ifelse без других ), но я не нашел никаких решений, которые могли бы условно изменить значение в столбце на значение в предыдущий ряд. Любая помощь приветствуется.

РЕДАКТИРОВАТЬ: я понял, что mutate и if_else довольно эффективны, когда дело доходит до преобразования значений. Вместо замены значений в последовательности с первого на последнее, как я и ожидал, команды заменяют все значения одновременно. Таким образом, в ряду значений> 1 у вас останутся некоторые. Таким образом, если вы просто запустите команду:

SurvTot1$lx_diag <- if_else(SurvTot1$lx_diag > 1, lag(SurvTot1$lx_diag), SurvTot1$lx_diag)

снова, вы можете избавиться от значений> 1. Не самое элегантное решение, но оно работает.

Answer 1

Используя данные @Fino, вот мое векторизованное решение с использованием базы R

vals.to.replace <- which(df$lx_diag > 1)
vals.to.substitute <- sapply(vals.to.replace, function(x) tail( df$lx_diag[which(df$lx_diag[1:x] <= 1)], 1) )
df$lx_diag[vals.to.replace] = vals.to.substitute
df

   Generation Treatent Time lx_diag
1          12        1    0   1.000
2          12        1    2   1.000
3          12        1    4   1.000
4          12        1    6   0.996
5          12        1    8   0.992
6          12        1   10   0.968
7          12        1   12   0.925
8          12        1   14   0.814
9          12        1   15   0.814
10         12        1   19   0.814

Answer 2

Для меня это выглядит очень уродливым решением, но я не мог думать ни о чем другом:

df = data.frame(
  "Generation" = rep(12,10),
  "Treatent" = rep(1,10),
  "Time" = c(seq(0,14,by=2),15,19),
  "lx_diag" = c(1,1,1,0.996,0.992,0.968,0.925,0.814,1.04,1.04)
)


update_lag = function(x){
  k <<- k+1
  x
}

k=1

df  %>% 
  mutate(
    lx_diag2 = ifelse(lx_diag <=1,update_lag(lx_diag),lag(lx_diag,n=k))
  )