Я загружаю некоторые файлы .mdh и .raw для медицинских изображений, но меня беспокоит одна вещь.Я понимаю, что в файле .dicom вы можете преобразовать интенсивность пикселей в HU, используя rescale.slope и rescale.intercept, который не может быть включен в файл .mhd.Поэтому мне интересно, как я могу получить лучшее представление о моих данных изображения из файлов .mdh и .raw. Это генерируемое изображение , это тип image чего я хочу достичь.
Здесь я загружаю срез из данных и строю гистограмму значений каждого «пикселя» (не уверен, называть ли их пикселем или вокселем).
Хотя у меня есть идея просто сбросить пиксель с наименьшим значением, я действительно хочу услышать от опытных пиров, есть ли более изощренный способ достигнуть этого.
itk_img = SimpleITK.ReadImage(mhd_file)
img_array = SimpleITK.GetArrayFromImage(itk_img)
plt.imshow(img_array[80], cmap=plt.cm.gray) # show a slice from a 3D data
plt.show()
plt.hist(img_array[80].flatten(), bins=80, color='c')
plt.xlabel("Value")
plt.ylabel("Frequency")
plt.show()
Я загрузил все свои фотографии на github, поскольку мне еще разрешено загружать изображения, поэтому, пожалуйста, не стесняйтесь нажимать.
Большое спасибо!