Благодаря busybyte я нашел ответ:
img = cv.imread("PATH")
centerx, centery = [int(img.shape[0] / 2) - 50, int(img.shape[1] / 2) - 50]
img = img[centerx:centerx + 100, centery:centery + 100]
Что сжимает изображение до желаемого размера 100x100 от центра.