Мульти ген через множественную выборку корреляции с использованием R - PullRequest
0 голосов
/ 23 мая 2019

Я следую рекомендациям использования rcorr простая корреляционная матрица с использованием набора данных mtcars с использованием R. Я хотел бы найти корреляцию для столбца; mpg в cyl, mpg в disp, mpg в hp и аналогично для всех остальных столбцов (мультисэмплинг) для каждого из автомобилей, перечисленных в качестве имен строк. Я понимаю, что это создаст большую матрицу набора данных, но в моих результатах для каждой корреляции я хотел бы знать имя строки. Мой текущий код выглядит так -

require(ggpubr)
require(tidyverse)
require(Hmisc)
require(corrplot)
data(mtcars)

flattenCorrMatrix <- function(cormat, pmat) {
  ut <- upper.tri(cormat)
  data.frame(
    row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],
    column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]],
    cor  =(cormat)[ut],
    p = pmat[ut]
  )
}
tt <- mtcars

head(tt)
                   mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1

dm = data.matrix(tt)
cc = rcorr(dm, type="pearson")
rcc = flattenCorrMatrix(cc$r, cc$P)
rc = data.frame(rcc)
head(rc)

Результат

head(rc)
   row column     cor                 p
   mpg    cyl -0.8522 0.000000000611269
   mpg   disp -0.8476 0.000000000938033
   cyl   disp  0.9020 0.000000000001803
   mpg     hp -0.7762 0.000000178783525
   cyl     hp  0.8324 0.000000003477861
  disp     hp  0.7909 0.000000071426787

Однако я хотел бы знать, на каком автомобиле произошла корреляция, т. Е. Добавить столбец в приведенный выше кадр данных "модель автомобиля". В данном случае модель автомобиля - это имя строки из mtcars (вверху - tt).

Любая помощь для решения этой проблемы приветствуется.

1 Ответ

0 голосов
/ 23 мая 2019

То, что вы спрашиваете, на самом деле невозможно.Это связано с тем, что каждое перечисленное выше соотношение состоит из данных для нескольких автомобилей.Например, давайте посмотрим на первую строку:

   row column     cor                 p
   mpg    cyl -0.8522 0.000000000611269

Это корреляция между всеми значениями в столбце mpg в вашем наборе данных и всеми значениями в столбце cyl.поэтому каждая строка ваших результатов на самом деле учитывает все автомобили в наборе данных mtcars.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...