Это то же самое, что и запуск любого сервера. Когда вы вызываете свой экземпляр EC2, вы можете использовать scp / WinSCP для передачи файлов, а затем SSH для настройки вашего сервера и базы данных.
Вы должны использовать что-то вроде Elastic Block Store (для сохранения ваших данных). Когда экземпляры EC2 перезагружаются, они перезагружаются из своего сегмента S3, поэтому все данные, которые были в локальном экземпляре, будут сброшены. Следовательно, ваша база данных должна находиться во внешней системе хранения.
Это хороший ресурс: http://www.livingdigitally.net/2009/04/tips-for-deploying-a-lamp-stack-on-amazon-ec2.html