Ваш приведенный выше код выглядит как смесь кода powershell и (статического) файла сценария FTP.exe.
FTP.exe не понимает ни встроенную переменную powershell, ни переменные среды.
Вы можете сгенерировать файл сценария ftp для PowerShell из шаблона (здесь строка) следующим образом:
$TodayDate = $(Get-Date -f yyyy-MM-dd)
@"
open myserver
user myuser mypass
put C:\MyPath\44_$TodayDate.csv
quit
exit
"@ | Set-Content ftp.scr -Enc ASCII
&ftp.exe -s:ftp.scr