Я думаю, вы немного смущены. Функционально слой и модель совершенно разные, и я не понимаю, зачем вам их сравнивать. Другими словами, модель обычно представляет собой набор слоев. Это ваша ответственность, чтобы добавить их в модель и подключить их. Они могут быть связаны различными и запутанными способами. Конечно, вы можете создать модель, которая имеет только один слой, но это зависит от того, для чего вы ее используете.
Что касается вашего второго вопроса, на самом деле нет указания, когда что делать. Обычно вы пытаетесь исчерпать все варианты, пока не найдете то, что работает лучше всего. Цепочка моделей и совместное использование слоев между моделями может стать определяющим фактором при принятии решения, хотите ли вы просто простой слой или подключите его к модели.