Я не уверен, что это связано, но я подозреваю, что это так - JBoss не совместим с J2EE настолько, насколько он реализует разделение приложений, как оно поставляется из коробки.
Как оказалось, существует один загрузчик классов, в который помещаются все классы, и, следовательно, невозможно выгрузить классы, и поэтому у вас возникнет эта проблема. Вы можете настроить jboss для большей совместимости с J2EE.
Вы получаете "Permgen с нехваткой памяти" или у вас постоянно с памятью?
Я также добился прогресса, подключив к нему JProfiler и проверив с этим использование памяти.
Я все время просто перезапускал Jboss - не занимал слишком много времени.