Если вам известен номер коммита, как в последнем коммите = 1, секунде = 2 и т. Д., То вы можете использовать оператор ~ вместе с HEAD для указания на коммит. HEAD ~ 1 = последний коммит, HEAD ~ 2 = второй коммит.
Следовательно, чтобы удалить последний коммит, вы можете использовать:
import git
repo = git.Repo('repos/my-repo')
repo.head.reset('--hard HEAD~1', index=True, working_tree=True)
См. этот вопрос, чтобы узнать больше о том, как идентифицировать коммит.