Как я могу сделать 2 кластерных столбца в карте тепла? - PullRequest
Новая
       17

Как я могу сделать 2 кластерных столбца в карте тепла?

0 голосов
/ 20 июня 2019

Я хотел бы нарисовать карту тепла.

С другой стороны, я хочу сделать кластеризацию только с двоичным кодом (регистр или контроль; статус = 0/1), а не с прикрепленным результатом.

Что мне делать?

Большое спасибо дополнительно.

Вот мой пример кода.

install.packages("randomForestSRC")
install.packages("gplots")
library(gplots)
library(randomForestSRC)

# exmaple data
data(pbc)
dat <- na.omit(pbc)

# change row names
new.names_Control <- NULL
new.names_Case <- NULL

for (i in 1 : nrow(dat[dat$status==0,])) {
    new.names_Control[i] <- paste0("Control", i)
    }

for (i in 1 : nrow(dat[dat$status==1,])) {
    new.names_Case[i] <- paste0("Case", i)
    }
dat_control <- dat[dat$status==0,]
dat_case <- dat[dat$status==1,]

rownames(dat_control) <- new.names_Control
rownames(dat_case) <- new.names_Case
dat_total <- rbind(dat_control, dat_case)

# make matrix by scaling
mtscaled <- as.matrix(scale(dat_total))

# generate heapmap
heatmap.2(mtscaled
,col=redgreen(75)
,scale="column"
,key=TRUE
,symkey=FALSE
,density.info="none"
,trace="none"
,cexRow=0.5)
...