Если это не поможет, то может возникнуть последняя проблема:
Иногда Flex копирует все файлы из целевой выходной папки BACK в проект html-template
папка, когда вы работаете с выходной папкой или настройками сборки.
Поскольку содержимое папки html-шаблона используется для копирования в целевую выходную папку, старый файл swf, который был скопирован обратно, заменяет новый.
Flex делает что-то вроде этого:
compile swf > my.swf
copy my.swf > <output>/my.swf
copy html-template/* > <output>/ # if there is my.swf there then it is replaced with old version
Итак, если у вас проблемы с обновлением swf и это не проблема с кешем, тогда проверьте папку html-template и удалите my.swf ( my здесь имя вашего скомпилированного файла SWF).
Иногда помогает последовательность команд Run и Debug, но это опять-таки связано с заменой файла swf в папке html-template.