Есть ли способ собрать множество многострочных строк, выделенных определенным символом, в Arraylist, используя поток данных в Java 8? - PullRequest
Новая
       49

Есть ли способ собрать множество многострочных строк, выделенных определенным символом, в Arraylist, используя поток данных в Java 8?

3 голосов
/ 27 апреля 2019

У меня есть файл fasta, который я хочу разобрать в ArrayList, каждая позиция имеет всю последовательность.Последовательности являются многострочными строками, и я не хочу включать идентификационную строку в строку, которую я храню.
Мой текущий код разбивает каждую строку на другую позицию в ArrayList.Как сделать так, чтобы каждая позиция обозначалась символом >?

Фастовые файлы имеют вид: 

>identification of a sequence 1
line1
line3
>identification of a sequence 2
line4
>identification of a sequence 3
line5
line6
line7

public static void main(String args[]) {

        String fileName = "fastafile.fasta";
        List<String> list = new ArrayList<>();

        try (Stream<String> stream = Files.lines(Paths.get(fileName))) {

            //1. filter line 3
            //2. convert all content to upper case
            //3. convert it into a List
            list = stream
                    .filter(line -> !line.startsWith(">"))
                    .map(String::toUpperCase)
                    .collect(Collectors.toList());

        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }

        list.forEach(System.out::println);


    }

Для приведенного выше примера мыхотел бы вывод такой, что: 

System.out.println(list.size()); // this would be 3

System.out.println(list.get(0)); //this would be line1line3

System.out.println(list.get(1)); //this would be line4

System.out.println(list.get(2)); //this would be line5line6line7

1 Ответ

1 голос
/ 28 апреля 2019

Использование Files.lines кажется немного сложнее, исходя из вашей цели.

Предполагая, что вы можете просто получить все содержимое файла за один String - следующее работает довольно хорошо (проверено с помощью онлайн-компилятора ): 

import java.util.*;
import java.util.stream.*;


public class Test {
   public static void main(String args[]) {
     String content = ">identification of a sequence 1\n" +
        "line1\n" +
        "line3\n" +
        ">identification of a sequence 2\n" +
        "line4\n" +
        ">identification of a sequence 2\n" +
        "line5\n" +
        "line6\n" +
        "line7";
     List<String> list = new ArrayList<>();
     try {
        list = Arrays.stream(content.split(">.*"))
          .filter(e -> !e.isEmpty())
          .map(e -> e.replace("\n","").trim())
          .collect(Collectors.toList());
     } catch (Exception e) {
         e.printStackTrace();
     }

     list.forEach(System.out::println);

     System.out.println(list.size()); // this would be 3

     System.out.println(list.get(0)); // this would be line1line3

     System.out.println(list.get(1)); // this would be line4

     System.out.println(list.get(2)); // this would be line5line6line7

   }
}

И вывод: 

line1line3
line4
line5line6line7
3
line1line3
line4
line5line6line7
...