Примерно так:
$d = new DateTime('2019-06-09T12:56:52.081Z');
$d->setTime($d->format('H'), $d->format('i'), $d->format('s'), $d->format('u') - 1000);
echo $d->format('Y-m-d\TH:i:s.u\Z');
// 2019-06-09T12:56:52.080000Z
Обратите внимание, что это работает только с PHP 7.1, решения для более старых версий PHP, вероятно, будут намного более ручными.