У многих arduinos есть последовательный порт USB, поэтому используйте порт на USB - пример просто меняет логическое значение, которое отправляется каждую секунду.
int bool_val = 0;
void setup() {
// initialize the serial communication:
Serial.begin(9600);
}
void loop() {
// send the value
Serial.println(bool_val);
delay(1000);
// toggle value
bool_val = !bool_val;
}
Затем можно открыть последовательный порт USBподключен из Arduino для чтения значений в вашем Java-коде, используя что-то вроде RXTX http://users.frii.com/jarvi/rxtx/