Вероятно, есть Git-конфигурация, которая изменяет формат EOL на CRLF вместо сохранения LF. Это целая тема. Короче говоря, если вы хотите, чтобы git не связывался с файлами формата EOL, установите это на .gitattributes:
* -text
При этом вы говорите git не путать с форматом EOL любого файла в проекте. Добавьте файл в проект, чтобы он мог быть доступен всем разработчикам. Наконец, если коммит, который испортил файл, является последним, измените его (после настройки файла, чтобы иметь EIX unix и иметь атрибут, установленный на .gitattributes):
dos2unix the-script.php
git add the-script.php
git commit --amend --no-edit