Как связать с уже скомпилированными внешними общими библиотеками в RCPP, используя Makevars?

Question

Я посмотрел несколько мест, но не смог найти простой пример для моей проблемы.

Мне нужно иметь возможность использовать несколько файлов .so, которые у меня есть (вместе с файлами .h).

Простой пример:

У меня есть следующие файлы: ах, a.cpp функция jeden - это моя библиотека R, accessor.cpp, которая предоставляет R функцию dwa извнешняя библиотека libdwa.so.У меня есть заголовочный файл dwa.h и эта библиотека libdwa.so.

Я могу управлять сборкой двоичного пакета (и все работает нормально) только и только тогда, когда я помещаю библиотечный файл libdwa.so в каталог '/ usr / lib '(я использую Debian).Но это не совместимое решение.

Где я должен поместить файлы библиотеки "dwa" (dwa.h и libdwa.so) и какие флаги добавить в файл Makevars, чтобы получить переносимое решение?

РЕЗЮМЕ ДОБАВЛЕНО

Я суммирую свои результаты здесь.Я полагаю, что некоторые чрезвычайно простые примеры полезны при запуске.

1. 2 внешние библиотеки, помещенные в inst :

   /inst/include/dwa.h
   /inst/include/trzy.h
   /inst/jeden/libdwa.so
   /inst/jeden/libtrzy.so
   

2. Настройка Файл / Настройка имеет форму (test6 - это имя пакета):

   #!/bin/bash
   rpath=$(${R_HOME}/bin/Rscript -e 'cat(file.path(.libPaths()[1], "test6", "jeden"))') #'
   sed -e"s|@rpath@|"${rpath}"|" src/Makevars.in > src/Makevars
   
   exit 0
   

3. Файл /src/Makevars.in имеет вид:

   CXX_STD = CXX11
   
   PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include/ -I.
   PKG_LIBS     = -ldwa -ltrzy -L../inst/jeden -Wl,-rpath,@rpath@
   

4. / src / accessor.cpp предоставляет функции библиотек R:

   #include <Rcpp.h>
   #include "../inst/include/dwa.h"
   #include "../inst/include/trzy.h"
   
   // [[Rcpp::export]]
   Rcpp::String r_dwa() {
     Rcpp::String res = dwa();.
     return res;
   }
   
   // [[Rcpp::export]]
   Rcpp::String r_trzy() {
     Rcpp::String res = trzy();.
     return res;
   }
   

5. Библиотека Pure R также существует / / src / hello_world.cpp_:

   #include <Rcpp.h>
   using namespace Rcpp;
   
   // [[Rcpp::export]]
   String hello_world() {
     String hw = "Hello World";
     return hw ;
   }
   

6. Окончательно / NAMESPACE файл:

   useDynLib("test6", .registration=TRUE)
   
   import("Rcpp")
   importFrom("utils", "object.size", "packageVersion")
   exportPattern("^[[:alpha:]]+")
   

Сборка исходных и двоичных пакетов прошла успешно, но только исходных один полезен в качестве двоичный файл имеет путь к библиотекам, написанным жестко.

Answer 1

Предположим, у вас есть структура каталогов, подобная

/opt/dwa/include/dwa.h
/opt/dwa/lib/libdwa.so

. В этом случае вы можете использовать src/Makevars:

PKG_CPPFLAGS = -I/opt/dwa/include
PKG_LIBS = -L/opt/dwa/lib -ldwa -Wl,-rpath,/opt/dwa/lib

Конечно, это все еще не переносимо, так какпуть к библиотеке и заголовочным файлам жестко запрограммирован.Чтобы обойти это, можно использовать файл шаблона, например, src/Makevars.in

PKG_CPPFLAGS = @DWA_INC@
PKG_LIBS = @DWA_LIB@

и написать сценарий configure, который проверяет среду и создает src/Makevars на основе результатов.Существуют разные стратегии написания configure скриптов.Я обычно использую autoconf, например, в RcppArrayFire или dqmagic .