Вам нужно перерисовать холст - то есть перерисовать фон и два прямоугольника, примерно так:
ctx.fillRect(0, 0, canvas.width, canvas.height);
//change the size of one rectangle, then redraw both of them
ctx.rect(10, 20, 150, 100);
ctx.fill();
ctx.rect(200, 20, 200, 150);
ctx.stroke();
Другим способом было бы покрыть только второй прямоугольник белым прямоугольником (или любым другим цветом фона) и перерисовать второй прямоугольник:
//draw first rectangle
ctx.rect(10, 20, 150, 100);
//cover old rectangle using a white rect
ctx.fillStyle = "white";
ctx.fill();
ctx.rect(200, 20, 100, 100);
//redraw second rectangle
ctx.fillStyle = "black";
ctx.fill();
ctx.rect(200, 20, 200, 150);
ctx.stroke();