Вместо того, чтобы использовать Java для запуска Cygwin для вызова Nutch, вам, вероятно, следует обратить внимание на непосредственную интеграцию Nutch с вашим Java-приложением. Здесь есть некоторая документация :
"Хотя веб-приложение Nutch - отличный способ начать поиск, большинство проектов, использующих Nutch, требуют более тесной интеграции функции поиска со своим приложением. Для этого есть различные способы в зависимости от Приложение. Двумя способами, которые мы рассмотрим здесь, является использование Nutch API и использование OpenSearch API. "