К сожалению, для установщика Windows требуется отдельный пакет MSI для x86 и x64.
В WiX v3.6 + Burn предоставляет функциональность для «объединения» двух пакетов в одну установку (управляемую исполняемым файлом Burn). Вы можете сделать это с файлом .wxs, который выглядит примерно так:
<Bundle ...>
<BootstrapperApplicationRef Id='WixStandardBootstrapperApplication.RtfLicense' />
<Chain>
<MsiPackage InstallCondition='NOT VersionNT64' SourceFile='path\to\x86.msi' />
<MsiPackage InstallCondition='VersionNT64' SourceFile='path\to\x64.msi' />
</Chain>
</Bundle>
Это только начало, а не все, что может сделать Burn, но оно показывает, как объединить два пакета архитектуры в один процесс установки.