вы можете запустить любую командную строку с плагином NppExec (входит в комплект). Он имеет довольно настраиваемые сценарии, которые вы можете настроить для создания проектов. Я ничего не знаю о WinAvrcompiler, но если он работает в командной строке, у вас не должно возникнуть проблем. Просто прочитайте файлы справки, и это справочные форумы на sourceforge.