Нет, Thread.QueueUserWorkItem предназначен для постановки в очередь единой единицы работы над потоком из пула потоков. Пока эта задача выполняется, вы убираете поток с asp.net. Вероятно, лучший способ выполнить запланированные задачи - это использовать службу Windows, но изучите метод, предложенный @Heinzi, который может подойти для сайта, на котором нет большого количества одновременно работающих пользователей.