Если это Javascript, вы можете добавить в него свою переменную PHP следующим образом:
echo '<input type="checkbox" name="checkbox1" value="'.$checkboxValue'.">
Если вы хотите получить значение флажка, вы должны отправить его в виде, подобном следующему:
<form action="index.php" method="post">
Checkbox: <input type="checkbox" name="checkbox1">
<input type="submit">
</form>
index.php
<?php
if (isset($_POST['checkbox1']){
$checkboxValue = $_POST['checkbox1'];
}
?>
Примечание: Значение $ _POST взято из атрибута name вашего флажка