Прежде всего, XML должен соответствовать стандарту XML, что означает, что вы не можете просто заключить какой-либо специальный символ в XML.
Если это так, ваш файл должен быть в определенной кодировке. MarkLogic по умолчанию предполагает UTF-8, независимо от инструкции обработки xml. Вы можете сказать ему либо попытаться выполнить полное восстановление, что заставит его угадать кодировку, посмотрев на первые несколько строк XML (все еще игнорируя xml-pi), либо вы передадите точную кодировку самостоятельно.
НТН!