Я неправильно понял ваш вопрос в первый раз и не понял, что Apache и ведомое устройство находятся на одном сервере.
Я думаю, что даже с хорошими настройками на дампе Apache становится истощенным ресурсом. Будь то голодание на io, памяти или процессоре, я не знаю, вам придется провести некоторый бенчмаркинг (хотя, я думаю, io).
В любом случае, если у вас все еще проблемы, я бы снова задал этот вопрос на ServerFault или получил бы мод, чтобы переместить его для вас.