networkx.draw()
имеет необязательный аргумент node_size
:
node_size (scalar or array, optional (default=300)) – Size of nodes. If an array is specified it must be the same length as nodelist.
Если вы хотите нарисовать узлы с различными размерами, вы должны указать массив размеров. Вы также можете использовать какой-нибудь генератор списков.
P.S. Я не рекомендую использовать базовый функционал рисования сети. Есть много мощных библиотек визуализации лучше, чем networkx. Даже в сетевых документах вы можете найти то же мнение. Можно использовать Gephi , Graphviz (с различными библиотеками) или Cytoscape для действительно ОГРОМНЫХ графиков.