Flash не работает на сервере. Работает в браузере.
Любой запрос файлов, сделанных флеш-памятью, фактически выполняется браузером пользователя. Вот почему file: // URL не работают.
Если вы хотите разместить свой файл на отдельном сервере, он все равно должен быть доступен из Интернета (или интрасети), и он все равно будет загружен в браузер пользователя.
Если ваши пользователи не могут напрямую получить доступ к дополнительному SWF-файлу, то ваше флэш-приложение тоже не будет.
Если приложение флэш-памяти, запущенное в браузере, может получить доступ к файловой системе сервера, что может стать огромной дырой в безопасности, поскольку злонамеренный пользователь может использовать ваше приложение флэш-памяти и обращаться к файловой системе сервера любым удобным для него способом.