Я предполагаю, что вы используете IaaS
Первый:
Вы можете сделать это, используя ssh с помощью PuTTY , если вы абсолютно уверены, что изменить. В любом случае это простой, но не лучший способ.
Второе: (Что я предлагаю)
Вы можете использовать систему контроля версий через Github. Вы можете использовать их для загрузки локальных изменений и загрузки их на развернутый сервер.
Третий
Вы можете использовать filezilla для передачи ваших файлов на сервер по FTP.