На самом деле функции установки и удаления работают правильно.
Перед остановкой nopCommerce системное имя плагина записывается в файл plugins.json.
В следующий раз, когда вы запустите приложение, оно получит имена плагинов из раздела PluginNamesToInstall и установит их.
plugins.json:
{
"InstalledPluginNames": [],
"PluginNamesToUninstall": [],
"PluginNamesToDelete": [],
"PluginNamesToInstall": [
"systemName"
]
}