Вы можете зарегистрировать прослушиватель событий sync, а затем извлекать центр карты в любое время при изменении вида карты. Затем вы можете установить положение вашего маркера в соответствии с найденными координатами центра. Смотрите фрагмент кода:
map.getViewModel().addEventListener('sync', function() {
var center = map.getCenter();
// Set marker position here:
// <marker object>.setPosition(center);
});