Так что я собираюсь оставить это здесь, чтобы другие могли читать, если у кого-то возникнут проблемы с этим же.
Когда файл index.php записывается с помощью хака, права доступа к файлу корректируются. Обычно он установлен на 444.
Я смог это исправить. Я вошел в систему через SSH, а затем изменил владельца: group на учетную запись, которая была зарегистрирована через ftp с помощью этой команды
sudo chown owner:group index.php
Затем оттуда я установил права доступа к файлу 644, делая это
sudo chmod 644 index.php
Оттуда я смог отредактировать файл в ftp и через notepad ++ и сохранить его обратно очень хорошо, и он не был перезаписан снова.
Затем я просто изменил процесс и установил права доступа к файлу обратно на 444.
Надеюсь, это поможет кому-то еще позже.