Я предполагаю, что вы используете определенный сервер встраивания, например, embed tomcat, что означает, что ваше приложение автоматически запускает веб-сервер, когда вы запускаете основную версию Springboot. Вы можете сделать триггер за оболочкой, чтобы запустить все приложение. Кроме того, такие вещи, как Дженкинс также могут решить вашу проблему.