У меня была такая же ситуация, как и у ОП.Изучив ответ @ IanHuff, если в желаемой (целевой) среде не установлен Jupyter, в окне Python Interactive будет использоваться другое место, где оно найдено.Я подумал об установке Jupyter в моей целевой среде, но он установил бы много пакетов.Необходимость делать это для каждой виртуальной среды была бы излишне обременительной.Поэтому вместо всего пакета Jupyter я установил только ipython_kernel в целевой среде следующим образом, и это сработало:
$ ipython kernel install --user --name=<target_environment_name>
Надеюсь, это поможет другим попытатьсяиспользуйте код Visual Studio с ноутбуками Jupyter.