Прежде всего, среда iPhone жестко контролируется Apple, поэтому вам не нужно беспокоиться о множестве библиотек SQLite, установленных на устройствах.
Во-вторых, когда вы используете Xcode для ссылки на библиотеку, вы можете выбрать ссылку на sqlite, sqlite3, sqlite3.6 и т. Д. Таким образом, если вы используете функцию и не можете использовать что-либо ранее, чем 3.6, вы можете указать так в вашем приложении.
В-третьих, SQLite - это стабильный проект, и вы можете быть уверены, что авторы не внесут радикальные изменения в API без предупреждения. Если вы ссылаетесь на sqlite3, вы должны быть в безопасности, если только вы не делаете что-то действительно странное.
В-четвертых, если вы делаете что-то действительно странное, опирающееся на причуду конкретной версии SQLite, то вам, вероятно, следует статически связываться с библиотекой или прекратить делать эту действительно странную вещь.
В заключение, да, это абсолютно безопасно и рекомендуется динамически связываться с библиотекой sqlite на iPhone, если вы не делаете что-то действительно странное.