Как использовать разные "dev.off ()" с knitr (для автоматической обрезки фигур) - PullRequest
Новая
       71

Как использовать разные "dev.off ()" с knitr (для автоматической обрезки фигур)

0 голосов
/ 21 марта 2019

Я хотел бы использовать свое собственное устройство печати pdf() в документе .Rnw, преобразованном в PDF с knitr. После создания PDF рисунка он должен вызывать pdfCrop.off() вместо dev.off() (или как угодно knitr звонки); это будет отлично обрезать получившиеся цифры. Как это можно сделать?

Следующее MWE работает (но без обрезки), если (*) закомментировано (и строка перед должным образом закрыта). 

\documentclass{article}

\begin{document}
<<knitr_options, echo = FALSE, results = "hide", purl = FALSE>>=
## Custom graphics device (for cropping .pdf):
pdfCrop <- function(file, width, height, ...)
{
    f <- file
    grDevices::pdf(f, width = width, height = height, onefile = FALSE)
    assign(".pdfCrop.file", f, envir = globalenv())
}
pdfCrop.off <- function() # used automagically
{
    grDevices::dev.off() # closing the pdf device
    f <- get(".pdfCrop.file", envir = globalenv())
    system(paste("pdfcrop --pdftexcmd pdftex", f, f, "1>/dev/null 2>&1"),
           intern = FALSE) # crop the file (relies on PATH)
}

## knitr options
knitr::opts_chunk$set(fig.path = "./fig_", background = "#FFFFFF",
                      dev = "pdfCrop", fig.ext = "pdf") # (*) => how to use pdfCrop.off() instead of dev.off()?
@

<<MWE>>=
<<fig-MWE, eval = FALSE, echo = FALSE>>=
plot(1:10, 10:1)
@
\setkeys{Gin}{width=\textwidth}
\begin{figure}[htbp]
  \centering
  \framebox{
<<figMWE, echo = FALSE, fig.width=6, fig.height=6>>=
<<fig-MWE>>
@
}
\caption{Just some text to show the actual textwidth in order to see that the
  figure is not perfectly horizontally aligned due to some white space which can
  be avoided by properly crop the figure with an adequate pdf crop device.}
\end{figure}

\end{document}

1 Ответ

0 голосов
/ 21 марта 2019

knitr уже предоставляет устройство кадрирования на основе pdfcrop, поэтому мы можем использовать его через крючок: 

\documentclass{article}

\begin{document}
<<knitr_options, echo = FALSE, results = "hide", purl = FALSE>>=
## knitr options
library(knitr)
knit_hooks$set(crop = hook_pdfcrop)
knitr::opts_chunk$set(fig.path = "./fig_", # all figures are saved as fig_*
                      background = "#FFFFFF", # avoid color
                      crop = TRUE) # always crop
@

<<MWE>>=
<<fig-MWE, eval = FALSE, echo = FALSE>>=
plot(1:10, 10:1)
@
\setkeys{Gin}{width=\textwidth}
\begin{figure}[htbp]
  \centering
<<figMWE, echo = FALSE, fig.width=6, fig.height=6>>=
<<fig-MWE>>
@
\caption{Just some text to show the actual textwidth in order to see that the
  figure is not perfectly horizontally aligned due to some white space which can
  be avoided by properly crop the figure with an adequate pdf crop device.}
\end{figure}

\end{document}
...