Просто переключите функции parseDouble и sqrt.Сначала необходимо проанализировать число, а затем вычислить квадратный корень после того, как оно было преобразовано в двойное число.
import java.lang.Math;
import java.io.*;
import java.util.Scanner;
public class raiz {
public static void main(String[] args) {
String a = "9";
double result = Math.sqrt(Double.parseDouble(a));
System.out.println(result);
}
}