Моя теория состоит в том, что ваш Eclipse настроен на соответствие JDK 1.6, но ваша сборка Ant (или что-то еще) компилируется с помощью компилятора JDK 1.5.
Произошло изменение в аннотации @Override между JDK 1.5. и 1.6. В версии 1.5 его можно использовать только тогда, когда конкретный метод фактически перекрывает конкретный метод в суперклассе. В JDK 1.6 его также можно использовать, когда аннотированный метод реализует абстрактный метод, определенный в интерфейсе или суперклассе.
Чтобы установить уровень соответствия Eclipse, откройте Windows> Предпочтения, выберите панель Java> Компилятор и измените значение параметра «Соответствие компилятора Java» на 1,5. Затем нажмите Применить или OK, чтобы применить изменение предпочтения.
(AFAIK, нет способа заставить Eclipse выдавать вам 1,5 предупреждения стиля в режиме соответствия 1.6.)