пакет conda build R не работает из-за компилятора C - PullRequest
Новая
       33

пакет conda build R не работает из-за компилятора C

1 голос
/ 21 марта 2019

Я пытаюсь установить пакет R с именем rcdd, используя conda build, и проблема с компилятором C.Обратите внимание, что эта проблема выглядит очень похоже на Сбой пакета Conda build R при проблеме компилятора C в MacOS Mojave , однако, поскольку (i) этот вопрос остается без ответа, и (ii) это относится к другому пакету, я думаю, что этоне повторяющийся вопрос.

Я использую MacOS Mojave, conda 4.6.8.В новой среде conda с установленными r-base и r-essentials я пытаюсь 

conda install conda-build
conda skeleton cran --recursive rcdd
conda build r-rcdd

и получаю следующую ошибку 

* installing *source* package ‘rcdd’ ...
** package ‘rcdd’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... x86_64-apple-darwin13.4.0-clang
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/Users/pjethwa/miniconda3/envs/r_env/conda-bld/r-rcdd_1553173041138/work':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘rcdd’

Файл config.log содержит такое же сообщение об ошибке,Та же самая ошибка также появляется, когда я пытаюсь установить непосредственно от R - то есть используя install.packages('rcdd').Однако я могу установить этот пакет, используя версию R, которая не была установлена ​​conda.Это решение является неудовлетворительным, поскольку я хотел бы использовать rpy2 для взаимодействия Python и R, что, по-видимому, требует установки R с помощью conda (например, см. Получение ошибки сегментации Ошибка сброса ядра при импорте robjects из rpy2 )

Мои версии clang / gcc: 

(r_env) myusername:~ clang --version
clang version 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)
Target: x86_64-apple-darwin18.2.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Users/myusername/miniconda3/envs/r_env/bin    

(r_env) myusername:~ gcc --version
Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 10.0.0 (clang-1000.10.44.4)
Target: x86_64-apple-darwin18.2.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin
...