Нельзя ставить часы на переменную. Для этого нет обратного вызова. Тем не менее, FOO и BAR обновляются либо:
FOO от timerFcn
BAR по обратным вызовам виджетов
Вам нужно сделать функцию:
updatePlot% обновляет график для отражения новых значений FOO или BAR
и обе функции, которые обновляют FOO или BAR, вызывают updatePlot как одну из своих последних обязанностей.
Я бы также рекомендовал не использовать глобальные переменные. Есть лучшие способы сделать это. Я фанат GETAPPDATA и SETAPPDATA. Посмотрите это видео, которое я сделал об этом.
http://blogs.mathworks.com/videos/2005/10/03/guide-video-part-two/
Вы также можете попробовать вложенные функции.