Это, вероятно, вызвано тем, что кодек должен быть сброшен в каждой точке соединения.Удалите требование, чтобы кодек был скопирован, и либо разрешите ffmpeg перекодировать его с настройками по умолчанию, либо укажите собственный кодек и собственные настройки для перекодирования потока.
По умолчанию:
ffmpeg -f concat -i mylist.txt finalvideo.webm
Или выберите конкретные кодеки:
ffmpeg -f concat -i mylist.txt -c:v libvpx -c:a libvorbis finalvideo.webm