Из того, что вы описываете с использованием хранилища таблиц Azure, я не думаю, что есть какой-либо другой способ, кроме того, что вы уже делаете. Поэтому либо обновите ETag и повторно отправьте запрос, либо безоговорочно перезапишите то, что есть, что приведет к потере обновлений.
В вашем случае я бы также поэкспериментировал с Azure Document Db, чтобы вы теоретически могли передать эту логику объединения на сторону сервера в качестве хранимой процедуры, которая могла бы прозрачно выполнить повторную попытку при сбое ETag. Это должно быть намного быстрее, потому что вам не нужно было бы делать какие-либо запросы ввода-вывода для повторных попыток со стороны клиента и предполагать, что все, что вы получите от БД, является самой последней и самой последней сущностью Boundary.