Используйте geom_line вместе со встроенной функциональностью predict с npdensity.
df <- data.frame(x = rnorm(1000))
df.kde <- npudens(~x, data=df)
ggplot(df, aes(x))
+ stat_function(fun = function(new.x) predict(df.kde, newdata=data.frame(x=new.x)))
Если вы оценили достаточно x точек, чтобы график выглядел хорошо, вы можете использовать eval$x и dens.
geom_line(aes(df.kde$eval$x, df.kde$dens))