Нахождение расстояния 5-й ближайшей точки до каждой из точек в списке точек

Question

 xy[0].sort()
 DT=[]
 for i in range(5982):
       xf=np.abs(xy[0][i]-xy[0][i+1])
       yf=np.abs(xy[1][i]-xy[1][i+1])
       D=((xf**2)+(yf**2))**0.5
       DT.append(D)`

 DT.sort()
 R5=[]
 for i in range(5977):
    R=np.abs(DT[i]-DT[i+4])
    R5.append(R)`

Как следует из названия, я пытаюсь найти 5-ую ближайшую точку к каждой из точек в списке xy, которая состоит из всех точек в форме (2,5983), однако метод Im, использующий возврат5-е ближайшее расстояние без учета точек в направлениях х и у.Любая помощь в решении этой проблемы будет принята с благодарностью!

Answer 1

Если я правильно понимаю, что вы хотите, это должно дать вам индекс 5-го ближайшего:

fifth = []
for i in range(len(xy)):
    distances = ((xy.T-xy.T[i])**2).sum(axis=1)
    fifth.append(np.argsort(distances)[5])

Это работает, если xy находится в форме (образцы, размеры), поэтому я использую транспорт. В противном случае это делает итерации менее читабельными. Но вы можете изменить это. Вы рассчитываете все расстояния на единицу, нет необходимости выполнять sqrt, потому что sqrt является монотонным, и вы ищете только заказ. Затем я использую 6-й элемент (индекс 5), потому что для простоты я не пропускаю самость, которая будет на расстоянии 0. Надеюсь, это поможет и ясно

Answer 2

Стараемся не слишком сильно менять свой код. Первая часть вычисляет квадрат расстояния между каждой парой точек (как указывает Такратис, квадратный корень является монотонным). Затем он находит пятую ближайшую точку к каждой точке и возвращает массив, в котором i th элемент является пятой ближайшей точкой в ​​точке i.

DT = []
    for i in range(5983):
        d_i = []
        for j in range(5983):
            xf=np.abs(xy[0][i]-xy[0][j])
            yf=np.abs(xy[1][i]-xy[1][j])
            d_ij =(xf**2)+(yf**2)
            d_i.append(d_ij)
        DT.append(d_i)

R5 = []
for i in range(5983):
    R = DT[i].index(sorted(DT[i])[5]) 
    R5.append(R)

print R5 

Answer 3

Использование:

from scipy.spatial.distance import pdist,squareform
Y = pdist(xy, 'euclidean')

Пример:

>>a = [[1,2],[3,4],[5,6]]
>>Y = pdist(a, 'euclidean')
>>Y
array([2.82842712, 5.65685425, 2.82842712])

Первый элемент - это расстояние между a0 и a1, второй - это расстояние между a0 и a2, а третий - расстояние междуa1 и a2.

Или вы можете использовать квадратную форму:

>>square = squareform(pdist(a))
>>square
array([[0.        , 2.82842712, 5.65685425],
       [2.82842712, 0.        , 2.82842712],
       [5.65685425, 2.82842712, 0.        ]])

После этого используйте:

np.argsort(square)

И вы получите то, что хотите.

Проверьте документацию pdist .