Если вы делаете это на жестком диске с вращающимся диском, у вас могут возникнуть проблемы со временем поиска. Попробуйте записать все свои данные в объект в памяти, а затем в конце вывести их все в файл.
Я не могу быть на 100% уверен, что это проблема, это просто теория. Легко попробовать, хотя.
РЕДАКТИРОВАТЬ: только что заметил еще одно большое ускорение.
сделать вместо list_submission_id набор
list_submission_id = set()
list_submission_id.add("t3_" + l.rstrip())
Затем проверьте членство, используя:
link_id = d["link_id"]
if link_id in list_submission_id :
wf.write(l)
В отличие от моего другого предложения, это определенно БУДЕТ значительно ускорить процесс.