Таблицы удаляются, когда вся SessionFactory закрыта.
SessionFactory имеет источник данных, который в вашем случае поддерживает пул соединений. Закрытие соединения не означает, что SessionFactory закроется.
Поскольку SessionFactory не закрывается закрытым соединением, таблица не удаляется.