Первоначально должны быть значки каталогов вместо точек.Я распаковал «icons.jar» и эти точки (или что-то очень-очень похожее) под названием «bullet.png», так что я думаю, что их там быть не должно.
Поскольку PhpStorm не имеет внеВ поле «Параметры» для изменения значков каталогов на панели навигации можно предположить следующее:
Установлен некоторый плагин, который изменяет внешний вид пользовательского интерфейса.Я не смог найти ни одного из них с похожим поведением, но вы можете попробовать отключить пользовательские плагины и проверить, меняется ли ситуация;
Возможно, установка PhpStorm была каким-то образом повреждена и значок каталоганедоступен.Очевидно, что переустановка должна помочь.